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阿奇霉素副反应发生率不受病人年龄的影响。阿奇霉素主要的不良反应为腹痛、恶心、呕吐、胃痉挛和腹泻等胃肠道症状，发生率约9.6%；其次有皮疹等，多数属轻度和中度，不必停药。偶见转氨酶暂时性升高，曾见一过性的中性粒细胞减少，但是否与阿奇霉素有关尚未证实。部分患者可产生低血糖症状。与红霉素等其他大环内酯类—样，严重的过敏反应如神经血管性水肿和过敏性休克等少见，但仍应注意。用药后应注意耐药菌如真菌引起的二重感染。中枢和周围神经系统反应为1.3%，其它皮疹等≤1%。ALT和AST短暂升高，分别为1.7%和1.5%，少数出现白血球计数异常。
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