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原子、离子和分子的区别包括性质不同、特性不同、结构不同等。其中，由组成的原子按照一定的键合顺序和空间排列而结合在一起的整体，这种键合顺序和空间排列关系称为分子结构；化学反应不可再分的基本微粒，原子在化学反应中不可分割；离子是原子由于自身或外界的作用而失去或得到一个或几个电子使其达到最外层电子数为8个或2个或没有电子的稳定结构。
分子质量和体积都很小；分子总是在不断运动着的。温度升高，分子运动速度加快；分子之间有间隔。一般说来，气体分子间隔距离较大，液体和固体的分子之间的距离较小。
原子的质量非常小；不停地作无规则运动；原子间有间隔；同种原子性质相同，不同种原子性质不相同。
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