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区别是研究的目的不同。
基础科学研究（基础研究）是指认识自然现象、揭示自然规律。应用研究，指为获得新知识而进行的创造性的研究。综合研究是一个合成词汇，有综合和研究组成。
综合研究的一般概念是指在事物的研究过程中以把握整体的概念，全面的考虑各个部分之间的联系作为研究问题的原则。应用研究：指为获得新知识而进行的创造性的研究，它主要是针对某一特定的实际目的或目标.基础研究是为了认识现象，获取关于现象和事实的基本原理的知识，而不考虑其直接的应用，应用研究在获得知识的过程中具有特定的应用目的。基础科学研究（基础研究）是指认识自然现象、揭示自然规律，获取新知识、新原理、新方法的研究活动。
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