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在宿主某部位寄居的正常菌群中，细菌的种类和数量比例是比较恒定的。有这种情况，即在使用抗菌药物治疗感染性疾病过程中引发了另一种新的感染病症，其原因就是因为长期或大量应用抗菌药物后，大多数正常菌群被杀死或抑制，而原来处于劣势的少数菌群或外来的不能被抗菌药物杀死的细菌便会趁机大量繁殖，使原来的菌群种类和数量比例大大改变。这种因严重的菌群失调导致的疾病称为二重感染，引起二重感染的常见菌有金黄色葡萄球菌、白假丝酵母、艰难梭菌等。这时候，人就会出现假膜性肠炎、肺炎、鹅口疮等。
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