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乌普萨拉大学主要设立有以下专业：生物医药、传染生物学、国际健康、肿瘤、分子医学、应用生物学、生物信息学、生物学、化学、计算机搜索、计算机科学、地球科学、嵌入式系统、数学、分子生物学、物理学、可持续发展、英语、艺术类、北欧研究、种族灭绝研究、人类学、民主研究、发展研究、经济学、人机交互、信息系统、政治和国际研究、社会科学、欧洲文化、国际人道主义。大学设立有包括人文艺术与社会科学领域的人文艺术学院、社会科学学院、语言学院、神学院、法学院、教育科学学院和医药领域的医学院和药学院，以及科学技术领域的科学技术学院。
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