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南京林业大学林业工程类专业主要设有森林工程、木材科学与工程和林产化工。林业工程类专业属于工学门类，主要包括森林工程、木材科学与工程、林产化工、家具设计与工程、木结构建筑与材料5个专业。
除林业工程类专业外，南京林业大学开设的专业还包括林学、森林保护、地理信息科学、园艺、生物技术、化学工程与工艺、生物工程、生物制药、机械设计制造及其自动化、机械电子工程、自动化、测控技术与仪器、机器人工程等。
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