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首都医科大学北京是本科批次招生，在其他省是第一批次招生，所以通常认为首都医科大学是一本大学，现在北京高考本科一批、本科二批合并为本科批招生，不过教育部门并没有划分首都医科大学是一本还是二本大学，毕业证上只有本科和专科的区别。
首都医科大学本部设有十个学院、一个学部、一个研究中心和一所附属卫生学校，二十一所临床医学院，二十四个本科专业，十四个专科专业。主要有基础医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、生物医学工程学院、中医药学院、医学人文学院、全科医学与继续教育学院、马克思主义学部、国际学院、燕京医学院，脑重大疾病研究中心，附属卫生学校。
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