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云南农业职业技术学院有6个二级学院，分别是经济管理学院、畜牧兽医学院、农学与园艺技术学院、工程学院、食品药品与大健康学院、互联网技术学院。学校开设的专业主要有畜牧兽医、动物医学、食品检测技术、食品质量与安全、药品经营与管理、中药学、工程造价、水利工程、工程测量技术、园林工程技术、财务管理、行政管理、市场营销、园艺技术、中草药栽培技术、园林技术、计算机网络技术、计算机应用技术、软件技术。
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